Первое упоминание о деревне Нифатово относится к 1485 году. Название Деревни - по первому переселенцу - монаху Нифонту, родоначальнику деревни, построившему часовню святого Нифанта.

Деревня занимает выгодное географическое положение. Она находится на пересечении трёх путей сообщения: водный - Волго-Балт; железнодорожный, автомобильный - Вологда - Новая Ладога.Координаты: 59° с.ш. и 38°з.д
Деревня Нифантово находится в 3 км от п. Шексна. Поселок Шексна является одним из районных центров Вологодской области, находится в 80 км от областного центра - г. Вологда по магистрали Москва - Вологда - Новая Ладога.

Количество жителей на 01.01.2010- 2664 человека.
Жители деревни Нифантово в основном работают на птицефабрике, заводах ДВП и КХП, а также в школе, детском садике и других организациях.

У Нифантова было два этапа интенсивного развития:
1-й этап: 50-60 годы ХХ века при затоплении Шекснинского водохранилища,
когда часть населения переехала из зоны затопления.
2-й этап: 70-80 года в связи со строительством Птицефабрики было построено много индивидуальных и многоквартийных домов.